Zelulen eta molekulen biologia irakasteko 'in silico' tresnak/metodologiak.

Zelulen Biologiako praktikak prestatzeko laborategiko baliabide nahikorik egon ez arren badaude ordenagailuaren laguntzaz in silico erabili daitezkeen herremintak. Bizidun askoren geneen sekuentzia publikoa da eta ikusgai dago gene-datubaseetan (ENSEMBL, NCBI, DDBJ). Informazio hau guztia doakoa da eta berarekin jolasteko aukera mordoa eskaintzen du: geneak ikusi (datu-baseetan), konparatu (clustalw), irakurri, itzuli (proteina bihurtu; Expasy gene translation), zein proteina horren egitura irudikatu daiteke (Expasy tools).

Baldin eta aldez aurretik aukeratutako genea gaixotasun zehatz baten garapenarekin lotuta badago, mikroskopiorik gabe eta interneten eskuragarri dauden Atlas Histologikoen bidez gene horren adierazpen aldaketek edo/eta mutazioek eragiten dituzten aldaketak azter daitezke: kaltetutako eta kaltetu gabeko ehunak konparatu daitezke.

• Oinarrizko Bioinformatika ikastea: gene datu-baseen bilaketak, konparaketak, etab egiten ikastea.
• Interneten doakoak diren metodologien bidez, biologiako klase praktikoak osatzea.
• Geneen datubaseetan zehar nabigatzen ikastea, bai eta geneak espezieen artean konparatzen, eta proteina bihurtzen ikastea.
• On-line dauden Atlas histologikoak ezagutzea eta erabiltzen ikastea.

1: DNA eta geneen egitura 

1.1 Gene-datubaseekin familiarizatzen. (NCBI, ENSEMBL, DDBJ)

1.2 Ariketa praktikoa (I): gene bat aukeratu

1.2.1 Oinarrizko Bioinformatika: FASTA formatua.

1.2.2 Espezie ezberdinetan genea konparatu (clustalw tool). Espezien arteko ezberdintasunak aztertu. Zuhaitz filogenetikoak aztertu.

2: Proteinen egitura Ariketa praktikoa (II)

2.1. Genea itzuli, proteina bihurtu: Expasy translation tool. Geneen irakurtarauak aztertu.

2.2. Proteinen 3D egitura. https://swissmodel.expasy.org/interactive/waqknx/models/

3: On-line Atlas histologikoak: zebra-arraina, gizakia. Ariketa praktikoa (III)

23.1 Gene batek eragin ditzakeen patologiak. Patologia zehatzak gizakietan: https://atlases.muni.cz/atlases/stud/atl_en/sect_main.html

Mintegien bidez egingo da baina batez ere era praktikoan landuko dira interneten eskuragarri dauden “on-line tool”-ak erabiliz.

• Biologia, Biokimika, Bioteknologia, Ingurugiro zientziak, Farmazia, edo Medikuntzako irakasle eta ikasleentzat.
• DBH eta Batxilergoko Biologia irakasleak.